Botanicula ist ein Point-and-Click-Adventure, bei dem es um das Lösen diverser Rätsel geht. Schauplatz sind die Äste eines riesigen Baumes, der für seine kleinen Bewohner sowas wie eine gigantische Stadt darstellt. Dieser Baum wird von spinnenartigen Parasiten bedroht, die ihm seine Lebensenergie entziehen, zu allem Übel ist da noch die böse Oberspinne, die alle Samen des Baumes aufgefressen hat... bis auf einen und den gilt es natürlich zu retten. Glücklicherweise wurde dieser von einem kleinen Pflanzenwesen gefunden, das sich nun mit seinen vier weiteren Freunden auf einen langen und gefährlichen Tripp tief in die Erde begibt, um den Samen dort zu pflanzen. Diesen fünf Recken, zwei Samenkörner, ein Ästchen, ein Pilz und last not least ein Moskito gilt es sicheres Geleit zu gewähren, damit der Samen eingepflanzt und so die schrecklichen Spinnen ausgebremst werden können.